رفراندوم انتخاب جمهوری اسلامی با مشارکت ۹۷درصدی مردم روبه‌رو شد اما برخی گروه‌ها و جریانات عمدتاً چپگرا این انتخابات را تحریم کرده حتی به مقابله با روند رأی‌گیری پرداختند.
تسنیم نوشت: رفراندوم روز ۱۰ و ۱۱ فروردین که به نام رفراندوم جمهوری اسلامی شناخته می‌شود با استقبال ۹۷ درصد از واجدان رأی روبه‌رو شد و بیش از ۹۸ درصد به جمهوری اسلامی رأی آری دادند اما برخی گروه‌ها بودند که این رفراندوم را تحریم کردند.
علاوه بر چریک‌های فدایی خلق و تعدادی گروهک کوچک چپگرا، بخشی از احزاب و گروه‌هایی که حاضر نشدند به جمهوری اسلامی رأی مثبت بدهند همان‌ها هستند که با گذشت ۴۴ سال همچنان با ملت ایران دشمن‌اند: تجزیه‌طلبان!
با پیروزی انقلاب اسلامی، برخی احزاب و گروهک‌های مستقر در شهرهای مرزی کشور با توجه به جو پیش‌آمده از فروپاشی رژیم سابق تلاش کردند بحث خودمختاری و تجزیه برخی استان‌های کشور را پیش بکشند؛ آنها تلاش داشتند سران انقلاب را پیش از برگزاری رفراندوم نسبت به قبول خودمختاری قانع کنند اما مسلماً مسئله تمامیت ارضی ایران موضوعی نبود که امام خمینی بر سر آن معامله کنند لذا سران این گروهک‌ها برای تلافی اعلام کردند در انتخابات شرکت نمی‌کنند.
عزالدین حسینی روحانی اهل‌سنت بانه که از سردمداران خودمختاری در استان کردستان بود در بیانیه‌ای اعلام کرد تا زمانی که رسماً جواب قطعی در مورد خودمختاری کردستان از طرف دولت و شورای انقلاب اسلامی ایران اعلام نشود، شخصاً از شرکت در رفراندوم خودداری می‌کند و مردم نیز با توجه به مسئولیت‌های ملی و مذهبی خود آزاد و مختارند.
گروهک تروریستی کومله که در اغتشاشات اخیر برخی سران آن در تلویزیون‌های معاند حضور پیدا می‌کردند، سال ۵۸ در بیانیه بلندی اعلام کردند؛ “وقتی جمهوری اسلامی خواسته خودمختاری کردستان را به‌رسمیت نشناسد در این رفراندوم شرکت نخواهیم کرد”.
حزب دموکرات کردستان نیز در بیانیه‌ای که در نهم فروردین انتشار داد، به‌دلیل تأمین نشدن حقوق خلق‌های ایران در این انتخابات شرکت نمی‌کنند!
علاوه بر گروهک‌های قوم‌گرا، برخی احزاب نیز که حامی خودمختاری بودند اعلام کردند در انتخابات شرکت نمی‌کنند. جبهه دموکراتیـک ملـی که اسفند سال ۵۷ از جبهه ملی اعلام جدایی کرد و بعدها در خارج کشور به منافقین پیوست و شورای ملی مقاومت را تشکیل دادند، ضمن اینکه اعلام کرد در انتخابات شرکت نمی‌کند، در بیانیه‌اش از دولت خواست تبه کردها خودمختاری ببخشد!
حزب جمهوری‌خواه فدرالیست در اولین مانیفست خود خواستار تحریم رفراندوم شد و خواستار حمایـت از نظام جمهوری فدرال متشکل از دولت‌های ملی خودمختار شد.
جمعیت دفاع از آزادی و انقلاب کردستان، اتحادیه خواستاران حقوق خلق کرد ایران، جمعیت مبارزین راه آزادی و مدافع حقوق ملی و دموکراتیک خلق کرد و جمعیت طرفداران زحمتکشان و دفاع از حقوق ملی خلق کرد هم جزو گروهک‌های مخالف رفراندوم بودند.
آیت‌الله طالقانی که روز اول فروردین‌ماه به‌درخواست پنج نفر از اعضای جمعیت کردهای مقیم مرکز به‌همراه هیئتی از اعضای شورای انقلاب اسلامی به سنندج سفر کرده بود، در پیامی به مردم سنندج از دسیسه‌ها برای ایجاد اختلاف و تفرقه میان مردم اظهار نگرانی و آنها را به هوشیاری و وحدت دعوت کرد. وی همچنین بر لزوم تشکیل شورای موقت برای حفظ امنیت در شهر تأکید کرد و در پایان این پیام از مردم دعوت کرد در رفراندوم شرکت کنند.
آیت‌الله طالقانی روز ۵ فروردین در پیامی به مردم سنندج از مردم دعوت کرد در رفراندوم شرکت کنند
در برخی دیگر نقاط مرزی نیز چنین جوی حاکم بود، برای مثال در ترکمن‌صحرا گروهی تحت عنوان ستاد مرکزی شوراهای ترکمن‌صحرا که یک گروه مسلح کمونیستی و قوم‌گرا بود تلاش داشتند با بسیج کردن مردم، اقدام به برهم زدن آرامش آن نواحی کنند و اولین شورش را در تاریخ ۶ فروردین کلید زدند. عدم شرکت این گروهک‌ها موجب شد رأی‌گیری در آن نواحی با اخلال روبه‌رو شود.
سید صادق طباطبایی معاون وقت وزیر کشور و مسئول برگزاری رفراندوم درباره خرابکاری گروهک‌ها در خاطرات خود چنین می‌نویسد: «ما یک پل ارتباطی بین مراکز استان‌ها و شهرهای بزرگ برقرار کردیم و با هواپیما و هلی‌کوپتر و خیلی جاها با قاطر برگه‌ها را به جاهایی که نرسیده بود رساندیم. باز هم گزارش‌هایی می‌رسید که گروه‌های ضدانقلاب چریک‌های فدایی خلق و مجاهدین خلق اقداماتی کرده بودند و برگه‌ها را از بین برده بودند. متأسفانه علی‌رغم تدابیر امنیتی در گنبد و ترکمن‌صحرا و سقز و سنندج و مهاباد نگذاشتند رفراندوم برگزار شود، حتی به اتومبیل هیئت حسن‌نیت و نمایندگان آقای طالقانی هم حمله کردند که خوشبختانه به آنها آسیبی نرسید. در سنندج اکیپی شامل شش پزشک و سه پرستار که برای مداوای مجروحین رفته بودند مورد حمله قرار گرفته و کشته شدند.»
احمد صدر حاج‌سیدجوادی وزیر کشور وقت هم در مصاحبه‌ای اعلام کرد که در سقز یک صندوق رأی از سوی ضدانقلاب به آتش کشیده شد.
به‌رغم کارشکنی‌های تجزیه‌طلبان، مردم کردستان پای صندوق رأی آمدند و از مجموع ۳۲۰ هزار و ۹۳۰ رأی مأخوذه، ۳۱۸ هزار و ۳۶۰ رأی مثبت به صندوق‌ها ریخته شد که بیش از ۹۹ درصد آراء بود. در ارومیه نیز از مجموع ۶۴۵ هزار و ۸۷۰ رأی، ۶۴۰ هزار و ۳۲۳ رأی مثبت به نظام جمهوری اسلامی اخذ شد.
مردم گرگان هم در بیش از بیست شعبه اخذ رأی حاضر شدند و در این رفراندوم شرکت کردند. قبل از برگزاری رفراندوم اعلامیه‌ای توسط ۹ نفر از علمای گرگان در تأیید جمهوری اسلامی صادر شد اما در مناطق دیگر این استان (که آن زمان جزو مازندران بود) به‌خصوص شهر گنبد همچنان شورشیان در حال جنگ شهری بودند لذا صندوق‌ها را در محل‌های شرقی و شمالی شهر مستقر کردند.
در صورت‌جلسه اعضای شورای انقلاب اسلامی محلی مستقر در مسجد عسگریه گنبد در مورد نتیجه رفراندوم در گنبد چنین آمده است: «…در ساعت ۱۸:۴۸ ـ ۵۸/۱/۱۲ [با]حضور اعضای نظارت بر آراء رفراندوم تعداد ۱۳ صندوق باز شد و آرای شمارش شد. تعداد آرای مثبت (سبز) ۲۶۴۰۳ و تعداد آرای منفی (قرمز) ۳۱… [بود]… در حضور مسئولین نظارت دو صندوق دیگر… مسجد حجتیه و مسجد حسینی… باز شد و تعداد رأی مطابقت شد و جمع آراء ۳۰۰۵۱.»
